2. 中国科学院 计算技术研究所 智能信息处理重点实验室, 北京 100190
2. Key Laboratory of Intelligent Information Processing, Institute of Computing Technology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100190, China
聚类分析是数据挖掘的有效技术之一, 因为聚类分析不依赖于类的预先定义以及数据样本的标签, 所以被称为无监督学习[1].目前, 聚类分析在市场分析、模式识别、基因研究、图像处理等领域具有一定的应用价值[2-4].
聚类分析的主要目标是:根据某种相似性(不相似性)度量把数据对象分成多个类, 尽可能使同一类簇内样本的相似度较大, 不同类簇之间样本的相似度较小[5].然而, 相似性的度量至今没有统一的定义, 不同的数据类型对应不同的相似性度量定义, 得到不同的聚类结果[6].类似地, 不同的聚类目标对应不同的聚类算法, 目前, 聚类算法主要被分为基于划分的聚类、基于密度的聚类、基于网格的聚类、基于层次以及基于模型的聚类[7].这5大类算法各有利弊, 不同的算法适用于不同类型的数据集.例如, 经典的K均值[8]聚类算法在凸球形结构的数据集上具有满意的聚类结果, 但却对初始值的设置敏感; 尽管DBSCAN[9]在不规则簇簇上提供了良好的聚类结果, 并且不需要预先设定类簇数, 但对于密度分布不均匀和高维较高的数据集, 聚类结果不尽如人意.
2014年, Rodriguez等人[10]提出一种快速寻找聚类中心的密度峰值聚类算法(clustering by fast search and find of density peaks, 简称DPC).DPC算法利用数据的局部密度以及相对距离属性快速确定聚类中心, 可以用于任意形状数据的聚类分析, 并有效进行样本点分配, 得到比较满意的聚类结果[11].但是它存在以下不足.
(1) 局部密度和相对距离的计算基于数据之间的相似性, 而相似性的度量却只是简单依赖于数据之间的几何距离, 所以在复杂数据上, DPC无法得到满意的聚类结果, 特别是当数据分布不均匀和数据维度较高时[12].
(2) 局部密度的计算没有统一的度量, 根据不同的数据集大小, 需要选择不同的度量方式[13].
(3) 截断距离dc的度量只考虑数据的全局分布, 在小数据集上, dc的改变会影响聚类的结果[14].
针对以上不足, 本文提出一种基于不相似性度量优化的密度峰值聚类算法(optimized density peaks clustering algorithm based on dissimilarity measure, 简称DDPC).DDPC算法的主要创新点包括:(1)考虑数据分布的周围环境, 利用概率块代替几何距离度量数据之间的相似性, 提高数据在较高维度以及分布不均匀数据集上的聚类精度; (2)利用样本的K近邻信息重新定义局部密度, 统一不同大小数据集上局部密度的度量方式;(3) 改进的局部密度度量, 使DDPC算法的聚类结果不受截断距离dc变化的影响.
1 DPC聚类算法一种基于局部密度和相对距离的密度聚类算法DPC由Rodrigue等人在Science上提出.DPC算法基于一个重要假设:聚类中心的局部密度大于周围邻居的局部密度; 聚类中心的距离密度比其高的点的距离相对较远[15].DPC算法分为两个步骤完成聚类:(1)确定聚类中心; (2)分配剩下的点[16].
DPC算法首先根据聚类中心的特点为每一个数据点赋予局部密度ρi和相对距离δi属性.ρi的物理意义表示与点xi的距离小于dc的点的个数, 定义为
$ {\rho _i} = \sum\limits_j {\chi ({d_{ij}} - {d_{\rm{c}}})} , {\;}\chi (x) = \left\{ {\begin{array}{*{20}{l}} {1, {\rm{ }}x < 0}\\ {0, {\;}x \ge 0} \end{array}} \right. $ | (1) |
其中, dij表示数据点xi和xj的距离.dc是唯一的输入参数, 表示截断距离, 定义为两两数据点之间相似度按从小到大排列后2%位置处的值.另外, 当数据集较小时, 局部密度ρi以高斯核函数的形式被定义.
${\rho _i} = \sum\limits_j {\exp } \left( { - \frac{{d_{ij}^2}}{{d_{\rm{c}}^2}}} \right)$ | (2) |
数据点xi的δi是点到所有比其局部密度大的点的距离的最小值, 其公式为
${\delta _i} = {\min _{j:{\rho _j} > {\rho _i}}}({d_{ij}})$ | (3) |
对于密度最大的点, 我们可以得到:
$ {\delta _i} = {\rm{ma}}{{\rm{x}}_j}\left( {{\delta _{ij}}} \right) $ | (4) |
DPC算法选择ρi和δi均较大的数据点作为聚类中心.为了可以自动确定聚类中心, DPC算法借助决策图选择聚类中心.决策图的绘制以ρi为横坐标, δi作为纵坐标.在实际情况中, 为了有助于更准确地确定聚类中心, 算法定义一个参数γi.
$ {\gamma _i} = {\rho _i} \cdot {\delta _i} $ | (5) |
此时, DPC算法将根据γi绘制决策图, 选择γi大的点作为聚类中心.
DPC算法确定好聚类中心后, 需要将剩余的点分配到相应的类簇中.剩余的点分为一般的数据点以及噪声点.DPC算法首先将所有剩下的点归于局部密度等于或者高于其最近点一类, 而后为每一个类簇定义一个边界阈值, 边界阈值即为划分为该类但是距离其他类簇的点的距离小于dc的点, 然后将局部密度最大的点的值作为阈值, 小于该阈值的点将作为噪声点去除完成聚类.
DPC算法简单有效, 能够很好地处理噪声孤立点, 而且可以得到任意形状的簇聚类, 同时不需要提前指定数据中类簇的数量, 并且需要用户指定的参数比较少, 因此近几年得到了很多学者的关注.在DPC的应用方面, 2015年, Zhang等人[17]利用密度峰值聚类算法提取多文档摘要, 提出了一个同时测量代表性和多样性的统一句子评分模型, 优于现有的MDS方法; 2016年, Chen等人[18]使用DPC算法来获得基于人脸图像的可能年龄估计; 2017年, Shi等人[19]将DPC算法应用于场景图像聚类, 提出了一种新颖的基于聚类的图像分割方法, 能够捕捉图像的固有结构并检测非球形簇.
虽然DPC算法在大部分数据集上的聚类结果令人满意, 但是DPC的缺点也非常明显.
● 首先, 局部密度和相对距离的计算都依赖简单的距离度量, 所以当数据分布不均匀和数据维度较高时, DPC无法得到满意的聚类结果.例如图 1所示, 在3类密度不均匀的数据集上, DPC的聚类结果不尽如人意, 无法得到准确的3类.
● 其次, 局部密度的计算没有统一的度量, 根据不同的数据集大小, 需要选择公式(1)或者公式(2)度量.同时, 局部密度的计算依赖于截断距离dc的选择, 但是dc只考虑数据的全局分布, 忽略了数据的局部信息, 所以dc的改变会影响聚类的结果, 尤其是在小数据集上.例如图 2所示, 在小数据集Flame上, 图 2(a)是采用公式(2)计算局部密度, 并且截断距离dc取4%, 可以很好地将数据集分成两类; 而图 2(b)中, dc取值和图 2(a)一样, 取4%, 但是局部密度的度量采用公式(1), 则并不能得到满意的聚类结果; 图 2(c)采用和图 2(a)相同的方法计算局部密度, 但是截断距离取2%, 得到的聚类结果也不是很理想.
从图 2可以看出, 局部密度的计算影响了DPC在数据集上的聚类效果.
许多学者针对局部密度的计算方式进行了DPC优化.在文献[20]中, Du等人提出了基于K近邻的密度峰值聚类(DPC-KNN)算法, 将K近邻的概念引入到DPC中, 考虑数据的局部分布, 为计算局部密度提供了另一种选择, 从而统一局部密度的度量方式, 减少截断距离dc对聚类结果的影响.在文献[21]中, Xie等人提出了一种基于模糊加权K近邻(FKNN-DPC)的密度峰值搜索和点分配算法, 使用K近邻信息来定义点的局部密度并搜索和发现聚类中心, 从而统一局部密度的度量方式, 并减少截断距离dc对聚类结果的影响.在文献[22]中, 谢娟英等人提出了K近邻优化的密度峰值快速搜索聚类算法, 利用样本的K近邻信息重新定义局部密度属性和分配策略, 有效地改进了局部密度度量不理想的弊端.
受以上优化算法的启发, 本文提出了基于不相似性度量优化的密度峰值聚类算法(DDPC).DDPC算法首先利用概率块代替原来的几何距离计算新的相似度矩阵, 而后利用新的相似度矩阵获取数据样本的K近邻信息, 再根据样本的K近邻重新定义局部密度的度量方式.由于DDPC算法基于新的不相似性度量方式计算相似度矩阵, 充分考虑了数据分布的局部环境, 所以可以反映更准确的数据结构, 在高维数据集以及密度变化的数据集上可以得到更优的聚类结果.同时, 由于DDPC算法定义了新的局部密度, 统一了局部密度在任意大小数据集上的度量方式, 避免了DPC算法中截断距离dc对聚类结果的影响.
2 基于不相似性度量优化的密度峰值聚类算法 2.1 基于块的不相似性度量由上一节分析得出, DPC算法由于直接采用几何距离度量数据样本之间的相似度从而计算局部密度以及相对距离属性, 忽略了数据分布的周围环境, 所以在复杂数据集, 特别是高维数据以及密度不均匀数据集上, DPC算法聚类效果不尽如人意.自1970年代开始, 心理学家就表示, 两个实例的相似性不能简单地由几何模型表征, 相似性的度量受到测量的背景以及实例附近的点的影响[23].基于这个事实, 可以定义更合适的相似性度量方式, 在这里称为基于块的不相似性度量[24].
基于块的不相似性度量的基本思想是, 密集区域的两个实例的相似度小于同等间隔但位于低密度区域的两个实例[25].基于几何模型的相似度计算仅依赖于几何位置推导距离; 相反, 基于块的不相似性的度量方式主要取决于数据分布, 即覆盖两个实例的最小区域的概率块[26].假设D表示概率密度函数F中的数据样本, H∈
定义1. R(x, y|H; D)表示关于H和D覆盖x和y的最小域, 定义为
$ R(x, y|H;D) = \mathop {\arg \min }\limits_{r \subset H{\rm{ s}}{\rm{.t}}{\rm{. }}\{ x, y\} \in r} \sum\limits_{z \in D} {I(z \in r)} $ | (6) |
其中, I(·)表示指数函数.
定义2. x和y关于D和F的基于块的不相似性定义为R(x, y|H, D)的期望概率.
$ m(x, y \mid D, F)=E_{\mathcal{H}(D)}\left[R_{F}(R(x, y \mid H, D))\right] $ | (7) |
其中, RF(·)是关于F的概率, 期望需要取
$ {m_e}(x, y|D) = \frac{1}{t}\sum\limits_{i = 1}^t {\tilde P(R(x, y|{H_i};D))} , {\;}\tilde P(R) = \frac{1}{{|D|}}\sum\nolimits_{z \in D} {I(z \in D)} $ | (8) |
注意, R(x, y|H; D)是覆盖x和y的最小区域, 类似于x和y几何模型中最短的距离.
基于块的不相似性度量共定义两个参数t和ψ, t表示iTrees的数目, ψ表示每棵iTree的大小, 每棵树的高度最高为h=⎡log2ψ⎤.例如, 存在一个大小为8的数据集X={x1, x2, x3, …, x8}.
● 第1步, 构建一个由t个iTrees组成的iForest作为分区结构R.
每个iTree都使用子集
算法1.轴平行分割算法.
输入:数据集X, 最高限制h.
输出:一棵iTree.
步骤:
Step 1.随机选择一个属性q.
Step 2.随机选择一个分裂的点p, 此点的属性q需要在属性q最小和最大值之间.
Step 3.将在属性q取值小于p点的点归为一类, 将在属性q取值大于等于p点的点归为一类.
Step 4.如果树的高度大于最高限制h, 或者点都成了独立的节点, 则停止, 否则返回Step1.
Step 5.返回iTree树结构.
假设通过算法1分割第1棵iTree, 得到如图 3所示的树结构.依次分割100棵iTree得到类似100个图 3的树构成iForest.X中的所有实例遍历每棵树, 并记录每个节点的块.
● 第2步, 进行块的评估.
通过每个iTree解析测试点x和y, 计算包含x和y两者的最低节点的块总和, 即
● 最后, me(x, y)是这些块的均值.
$ {m_e}(x, y) = \frac{1}{t}\sum\limits_{i = 1}^t {\frac{{|R(x, y|{H_i})|}}{{|D|}}} $ | (9) |
假设求解点x3和x7的不相似性.在图 3的iTree中, x3和x7的块值为包含两者的最小的区域|{x3, x5, x7, x8}|=4.以相同的方式构建并遍历所有的树, 得到x3和x7的块值总和, 求平均即得到x3和x7的不相似性.
2.2 DDPC算法介绍本文DDPC算法将继续采用DPC的中心思想, 快速寻找局部密度以及相对距离属性均较大的点作为聚类中心, 但是相似度计算以及局部密度的度量方式我们将进行改进.首先, 样本间相似性度量将使用基于块的不相似性度量代替简单的几何距离度量, 根据公式(9)得出新的相似度矩阵; 然后根据新的相似度矩阵, 找到样本的K个最接近的匹配近邻, 并定义新的局部密度.
$ {\rho _i} = \sum\limits_{j \in KNN(i)} {\exp ( - {m_e}({x_i}, {x_j}))} $ | (10) |
其中, KNN(i)是点i的k个近邻点.同时, 数据样本的相对距离属性也不再依赖几何距离度量的相似度, 而是利用公式(9)计算得到的相似度.
$ {\delta _i} = \left\{ {\begin{array}{*{20}{l}} {\mathop {\min }\limits_{_{j:{\rho _j} > {\rho _i}}} ({m_e}({x_i}, {x_j})), {\rm{ if }}\exists j{\rm{ s}}{\rm{.t}}{\rm{. }}{\rho _i} > {\rho _j}}\\ {\mathop {\max }\limits_j ({m_e}({x_i}, {x_j})), {\rm{ otherwise}}} \end{array}} \right. $ | (11) |
DDPC算法具体步骤如算法2.
算法2. DDPC聚类算法.
输入:数据集X={x1, x2, …, xn}, iTree的数目t, 每棵iTree的大小ψ, 近邻数k.
输出:聚类结果Y.
步骤:
Step 1.将数据集X通过随机采样分为t个大小为ψ的集合, 如果n < ψ值, 则采样的大小取n.
Step 2.对每个集合, 根据算法1进行轴平行分割, 构成1棵iTree, t棵iTree构成1个iForest.
Step 3.遍历iForest, 根据公式(9), 基于块的不相似性度量方式计算样本相似度矩阵.
Step 4.根据重新定义的局部密度的计算公式(10), 计算每个样本的ρi值.
Step 5.根据公式(11)计算每个样本的δi值.
Step 6.根据由ρi和δi构成的决策图, 自动选择聚类中心.
Step 7.将数据集中的其余数据点归于密度等于或者高于“当前点”的最近点一类.
Step 8.返回结果矩阵Y.
DDPC算法保留了DPC算法寻找聚类中心的主要步骤, 快速寻找密度峰值作为聚类中心.但是本文DDPC算法局部密度以及相对距离属性的度量依赖于更符合人类心理的基于块的不相似性度量方式计算得到的样本间相似度, 代替了传统DPC算法中简单的距离度量得到的相似度, 使DDPC在高维数据以及密度不均匀数据集上更高效.另外, 利用基于块的不相似性度量计算的数据样本间的相似性, 定义了基于样本K近邻的新的局部密度.与DPC算法相比, DDPC算法避免了过度依赖截断距离dc, 并且局部密度度量适合于任意大小的数据集.
3 实验与分析 3.1 实验设计为了验证DDPC算法的聚类性能, 实验采用人工数据集和真实数据集对本文算法进行测试.聚类精度(Acc)被用来测量聚类结果的质量, Acc的值越高, 聚类性能越好.Acc的计算公式如下.
$Acc = {{\sum\nolimits_{i = 1}^N {\delta ({y_i}, map({z_i}))} } / n}$ | (12) |
对于数据集X={x1, x2, …, xn}, yi, zi分别是固有类标签和聚类结果标签, map(·)通过Hungarian算法将每个类标签映射到类别标签, 并且该映射是最优的.除了DPC算法, 我们将DDPC算法与DPC的优化算法FKNN-DPC以及DPC-KNN进行对比, 对比算法的实验结果均采用Acc统一标准进行准确率度量.由于我们的算法没有考虑噪声点处理, 所以为了公平起见, 我们选择无噪声数据集, 见表 1和表 2, 对比算法也均不处理噪声点.另外, DPC算法的参数取值参考文献[10], 为[0.2%, 0.4%, 0.6%, 1%, 2%, 4%, 6%]; FKNN-DPC算法以及DPC-KNN算法中的k值参考文献[20, 21], 取5到7;DDPC中的t和ψ都取文献[24]中指出的默认值100和256, k值同样取5~7.本文算法和各对比算法均通过实验尝试获取最优参数以及最优值.由于DDPC算法中采用基于块的不相似性度量具有随机性, 所以结果同时给出最优值并给出20次实验的平均值.
3.2 实验结果分析 3.2.1 人工数据集实验结果分析
本节对5组人工数据集进行DDPC测试, 实验数据特征见表 1.其中, 人工数据集D是典型的包含密度不均匀的3个类的数据集, 其余4个数据集包含了规模较小的Flame和规模较大的S2;同时包含了分布均匀的Forty数据集, 又包含了分布紧密、有交叉分布的S2数据集.
实验对二维数据集的结果采用可视化展示, 一个颜色代表一个类.分别将本文DDPC算法和DPC算法以及FKNN-DPC算法、DPC-KNN算法在以上5个数据集上进行了聚类, 结果如图 4~图 8所示.
从图 4中可以看出, DDPC可以很好地处理密度不均匀的数据集.在数据集D上, DDPC算法可以很好地聚类成3类.但是DPC不能很好地将数据集分成3类, 因为DPC只是简单地用数据间的几何距离来度量相似度, 计算局部密度和相对距离属性, 所以对于数据集分布不均匀的数据集, DPC不能很好地识别所有的类.而FKNN- DPC算法虽然考虑了样本的K近邻度量局部密度, 但是K近邻的判断依旧是根据简单的几何距离度量的相似性判断的近邻点, 所以针对密度不均匀的分布数据集, FKNN-DPC算法的聚类结果也不是很理想.同样, DPC- KNN算法也引入的K近邻信息是依据样本间的相似性判断的, 但是相似性的判断只是依赖数据的几何距离, 所以聚类效果不尽如人意.
从图 5~图 7中可以看出:虽然在分布相对均匀的数据集上, DDPC以及DPC和FKNN-DPC, DPC-KNN算法均可以通过选择合适的参数得到较为满意的聚类结果, 但是DPC算法中局部距离的度量方式不统一, 并且需要选择合适的dc.而DDPC算法以及FKNN-DPC和DPC-KNN统一了局部密度的度量方式, 并且不再需要选择参数dc.虽然依旧有参数k, 但是k值的变化对聚类中心的选择影响不大, 即对聚类结果的影响不是很大.
从图 8中可以看出:DDPC和DPC算法可以得到令人满意的聚类结果, 但是FKNN-DPC和DPC-KNN算法的聚类结果不是很理想.DPC算法考虑聚类中心的特点, 从全局角度出发选择聚类中心, 所以可以准确处理类之间有交叉的数据集.虽然FKNN-DPC和DPC-KNN引入数据样本的K近邻统一局部密度的度量方式, 不再需要参数dc, 但是FKNN-DPC和DPC-KNN只是简单进行几何距离的度量选择K近邻, 忽略了数据分布的周围的环境, 所以当数据集类之间有交叉, 分布紧密的时候结果不理想.而本文DDPC算法虽然也是考虑样本的K近邻度量局部密度, 但是由于K近邻的度量不再简单根据几何距离度量, 而是使用了基于块的不相似性度量, 考虑了数据分布的周围环境, 所以DDPC可以和DPC一样, 针对FKNN-DPC和DPC-KNN聚类结果不理想的类有交叉的数据集上聚类的结果还是相对较满意.
各算法虽然在大部分分布规则、密度均匀的数据集上聚类效果都差强人意, 但是DPC算法局部密度和相对距离简单依赖几何距离度量的相似度, 使得DPC算法在密度不均匀的数据集上聚类效果不尽如人意, 同时在高维数据集上的聚类结果也不是很理想, 将在下节实验证明.另外, 局部密度的度量方式不统一, dc的选择对聚类结果的影响, 使得DPC算法在实际操作中需要一定的先验知识.而FKNN-DPC和DPC-KNN虽然统一了局部密度的度量方式, 同时去除了dc改变对聚类结果的影响, 但是由于引入的K近邻信息也只是简单依靠几何距离度量寻得, 而忽略了数据分布的周围环境, 所以当数据分布复杂, 有交叉、密度不均匀时, FKNN-DPC和DPC-KNN的聚类结果不是很理想.而本文提出的DDPC聚类算法在引入K近邻的基础上又考虑数据分布的周围环境度量样本间的相似性, 所以本文DDPC算法在处理密度不均匀以及类间有交叉点时效果较理想, 同时统一了局部密度的度量方式, 克服了dc改变对聚类结果的影响, 并且DDPC本身只有一个参数k需要选择, 而由于DDPC依旧采用DPC中选择聚类中心的特点选取密度峰值, 所以聚类中心一定处于密度较大的区域, 所以k的微小改变对聚类的结果影响不大.
3.2.2 真实数据集实验结果分析本节对6组人工数据集进行DDPC测试, 实验数据特征见表 2.由于DPC算法中dc的改变对小样本数据集上聚类的结果影响较大, 同时, 在数据维度较高的数据集上DPC的聚类结果不尽如人意, 所以本节实验挑选了经典的小样本数据集, 并且包含较高的维度.
实验分别将本文DDPC算法和DPC算法以及FKNN-DPC算法和DPC-KNN算法在以上6个数据集上进行了聚类, 聚类结果见表 3, 并且给出了对应的最佳参数.粗体即为各算法中最优结果, 而DDPC同时在括号中给出了20次测试均值.
从表 3可以看出, 本文DDPC算法整体的聚类效果较DPC以及FKNN-DPC和DPC-KNN更好.而DPC在维度较高的数据集上聚类结果不是很满意, 而且dc需要合适的选择.虽然FKNN-DPC和DPC-KNN算法避免了传统DPC算法中参数dc的选择, 结果较DPC相比差强人意, 但是与DDPC算法相比, 聚类结果不是很理想.本文DDPC算法由于考虑数据分布的周围环境, 用基于块的不相似性度量代替了简单的几何距离度量相似度的方式, 所以本文DDPC算法在针对数据维度较高的数据集效果较好.另外, 由于DDPC也选择考虑K近邻来度量局部密度, 所以避免了DPC算法中参数dc的选择.而本文参数k的选择因为聚类中心处于密度紧密的区域的特点, 所以在本文实验中k的选择对聚类结果的影响不是很大.
我们选取参数k=5, k=6, k=7分别进行了测试, 取最优解并绘制了对比图, 如图 9所示.从图中可以看出, 本文算法在k变化的时候, 聚类结果波动不大, 即说明DDPC算法中参数具有鲁棒性.
4 结束语
本文提出一种基于不相似度量优化的密度峰值聚类算法, 引入基于块的不相似性度量计算样本间的相似度, 并将此度量得到的样本间相似度引入样本的K近邻度量, 结合样本的K近邻信息定义新的局部密度计算方式, 统一局部密度的度量方式, 避免了小样本数据集上参数dc选择问题, 并提高DPC算法在复杂数据集, 尤其是维度较高以及密度不均匀数据集上的缺陷.同时, 本文算法虽然增加了参数k, 但是由于DDPC算法是对DPC算法的优化, 保留了传统DPC算法选取聚类中心的方法, 所以参数k的选择具有鲁棒性.本文从理论以及实验证明分析了优化后的密度峰值聚类算法DDPC优于传统的DPC算法以及优化的FKNN-DPC和DPC-KNN算法.
本文DDPC算法如何合理分配剩下的点而不是采用一步式分配策略, 并有效处理噪声点, 需要进一步探索.
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